比起历朝历代的残酷对待功臣方式，王辰浩通过没有流血冲突的法律方式解决这个问题，可以说已经仁至义尽了。
从光华十六年五月开始，随着叶祖贵案的不断扩大，整个中华大地掀起了规模浩大的整顿行动，后世称之为整风运动，意在彻底清除封建遗老势力给中华帝国未来的政治发展制造障碍的可能，令中华帝国的政治更加清明。国家只有政治清明了，才会真正实现腾飞。
这场整风运动从五月份开始，一直持续了半年时间。首先就是海军大洗牌，帝国海军三大元老邓世昌、林泰曾和刘步蟾被授予海军一级上将后退役，接任海军部大臣的是林建章，海军军令部大臣杜锡圭，海军参谋部参谋长赵声。同时期退役的还有100多位五零后、六零后海军部和舰队官员，取而代之的都是七零后、八零后和九零后少壮派军官，中华帝国海军得以大换血。
不过，海军主导力量依然是信奉巨舰大炮主义的海军BB党们，海军CV党们因为叶祖贵事件而被舆论压制，未能成为主导力量。
尽管帝国皇帝王辰浩明白十几二十年后，航空母舰将成为海上主导力量，但是在此时此刻，航空母舰还无法完全取代战列舰的主导地位，因此王辰浩也没有阻止。
不过，王辰浩也不想打压海军CV党们的斗志，因此在叶祖贵事件问题上，王辰浩保住了刘冠雄，让叶祖贵一人承担了全部责任，任命CV党代表赵声为海军参谋长，刘冠雄为太平洋舰队副司令，航母战斗群司令，也算是平衡了一下BB党和CV党们之间的权利。
海军领导层和指挥层大换血之后，连带的是陆军，大批五零后、六零后官员被解职退役，或告老还乡，或改作他行。不过，陆军是王辰浩一手带起来的嫡系部队，向冯国璋、段祺瑞、梁华殿等人都还不到退役年龄，因此陆军高层基本上没有变动，变动最大的是地方军区司令和后勤人员。当初王辰浩为了尽快控制地方，因此保留了前朝各镇新军主官继续留任在这些地方军区，很多人已经升任军区司令，这次都是解职对象。
对于空军而言，中华帝国的空军不受前朝封建遗老们的影响，从高层到底层，从战斗部队到后勤保障部队，都是清一色的进步青年人担任，因此不需要换血。不过一批 跟政客们走的很近的空军官员被解职。
海陆空三军是王辰浩首先整顿的对象，要确保他们远离政治，任何人都不允许加入任何党派和组织，军人只有一个信仰，那就是效忠皇室保家卫国，其他事情一概不过问也不参与。王辰浩此时依然需要独裁统治，因此他要求军队必须绝对忠诚于他。当然，他也明白军政不分家将导致非常严重的后果，因此从一开始，王辰浩就严格的把军政两届分开，让他们老死不相往来。
国民警卫队和警察部队的整顿面最广，因为国民警卫队和警察部队一开始就是前朝部队整编而来，大量的军官都是前朝军官，虽然经过十几年时间，原来的军官和士兵大多数都退役了，但是依然有相当一部分前朝军官担任重要职位，因此也是整风运动的对象，大多数人都能够得到授勋退役的台阶下，少部分跟黑社会勾结，知法犯法的官员被移送监察机关处理。
最大的一头就是帝国国会和各省议会了。赵秉钧一案使得民生党遭到了国民的巨大舆论抨击，赵秉钧被弹劾后，赵秉钧内阁集体辞职。同时，张枫响应王辰浩的命令，对民生党内部进行了大洗牌，很多在国会、省议会担任议员的前朝遗老势力被劝退，不合格的党员被清退，从新立起民生党的高门槛，对入党的考核变得极为严格，宁缺毋滥。
民生党的内部大洗牌，使得民生党的党员数量从原来的1000万人一下子减少到了580万人，同时在帝国国会的席位也沦为第二大党。
第一大党被唐绍仪的民主党取代，王辰浩于是任命由唐绍仪重新组建责任内阁，由唐绍仪出任中华帝国第五任内阁总理大臣，但任期只到光华十九年，到了光华二十年第六次全国大选时，还得重新选举。也就是说，这次唐绍仪和他的民主党内阁只是用来给赵秉钧的民生党内阁擦屁股的。
唐绍仪于六月中旬成立了由民主党组建的责任内阁，成为开国十六年来，首次由民主党执政，结束了民生党一统帝国内阁和国会的时代，从此揭开了党派轮流执政的时代，中华帝国的民主进程得以向前迈出一大步。
同样，唐绍仪的民主党也是这次整风运动的重点对象，只不过国民的舆论都被民生党吸引过去了，民主党的内部大洗牌行动没有被曝光，一切都在暗中进行。最终，民主党成为国会第一大党，党员由820万人降至655万人。
作为国会第三大党，康有为和孙文联合组织的进步党也没有逃脱这次整风运动。中华帝国最高人民检察院证实了300万进步党人同样跟帝国军方存在勾结。由于进步党不是王辰浩的嫡系党派，即不是由老北洋集团分裂而来的党派，帝国政府对其的整顿更加严格。四百万进步党人最终只剩下了190万人。而且康有为和孙文制定的进步党党纲党章也不得不修改，所有条条框框必须符合帝国宪法和法律，同时不可以跟帝国执政党的意识形态出现冲突，必须信奉资产阶级的民主、民权、民生基本思想。因为如果意识形态不同，那么就离内战不远了。
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